26 may 1977-ci ildə Bakı şəhərində anadan olub. Bakı Dövlət Universitetini bitirib. 2006-cı ildə filologiya üzrə fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsini alıb. 2007-ci ildən elmi-pedaqoji fəaliyyətlə məşğul olub. 2019-cu ildən dosent elmi adını daşıyır.

Y. Ağayev, 2001-ci ildən əmək faəliyyətinə başlayıb. 2003-cü ildən etibarən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Dövlət İdarəçilik Akademiyasında müxtəlif rəhbər vəzifələrdə çalışıb. Eyni zamanda, Dövlət İdarəçilik Akademiyası Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin sədri olub.

2025-ci il yanvar ayının 24-dən etibarən Azərbaycan Əmək və Sosial Münasibətlər Akademiyasında “Təlim-tərbiyə işləri üzrə” prorektor vəzifəsində çalışır və rektor vəzifəsini müvəqqəti icra edir.

5 kitab və 42 elmi məqalənin müəllifidir.

Ailəlidir, üç övladı var.