Magistratura şöbəsi magistratura təhsil səviyyəsi üzrə təhsil standartlarına cavab verən təhsil prosesini təşkil edir. Ayrıca şöbə kimi 2022-ci il sentyabrından fəaliyyət göstərir. Hazırda şöbə üzrə “İqtisadiyyat”,  “Maliyyə”, “Mühasibat uçotu və audit”  və “”Sosial iş” ixtisasları üzrə  qəbul aparılır.

Şöbə “Boloniya prosesi” prinsipləri əsasında magistratura təhsil səviyyəsində tədrisin təşkil edilməsini, tədqiqat yönümlü və akademik kadrların yetişdirilməsini, magistratura təhsili prosesinə professor-müəllim heyətinin cəlb edilməsini, magistrantlar üçün ölkə və beynəlxalq miqyaslı konfrans, seminar və elmi diskussiyaların təşkil edilməsini, təhsildə, iqtisadiyyatda və sosial sferada yeni elmi biliklərin və texnologiyaların əldə edilməsi və tətbiqinin  tədris prosesində istifadə edilməsini, elmi-tədqiqat və elmi-pedaqoji, eləcə də innovasiya təşkilatları arasında qarşılıqlı səmərəli əlaqələrin yaradılması yolu ilə təhsil, elm və istehsalatın inteqrasiyasını həyata keçirir.

          Şöbə fəaliyyət planları hazırlayır, istiqamətləndirir, bununla bağlı məlumatları Akademiyada fəaliyyət göstərən təhsilverənlərə, əməkdaşlara, təhsilalanlara bildirir  və fəaliyyətin nəticələrinə nəzarət edir. Şöbə “İqtisadiyyat və idarəetmə”,”Maliyyə və mühasibat” və “HİH və sosial fənlər” kafedraları ilə sıx əməkdaşlıq şəraitində fəaliyyət göstərir

            Şöbəyə dosent Şabanov Zeynəddin Müsənnif oğlu rəhbərlik edir