Azərbaycan Əmək və Sosial Münasibətlər Akademiyasının ali idarəedici orqani onun Elmi Şurasıdır. Elmi Şura seçkili orqandır, onun yaradılması və fəaliyyəti Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilən "Ali təhsil müəssisəsinin Elmi Şurası haqqında Əsasnamə" ilə tənzimlənir. Azərbaycan Əmək və Sosial Münasibətlər Akademiyasına ümumi rəhbərlik mövcud qaydada təşkil olunmuş və rektorun başçılıq etdiyi Elmi Şura tərəfindən həyata keçirilir. Hazırda Elmi Şuranın tərkibi 21 nəfərdən ibarətdir. Elmi Şura öz fəaliyyətini hər tədris ilinin əvvəlində təsdiq edilmiş illik iş planı əsasında həyata keçirir. İş planında müvafiq tədris ilində Elmi Şuranın müzakirəsinə verilən məsələlər öz əksini tapır. Bu məsələlər Akademiyanın həyatının bütün sahələrini əhatə edir. Elmi Şuranın iclaslarında əsasən Akademiyada tədrisin yüksək səviyyədə təşkili, səmərəli idarə olunması və aparılması ilə əlaqədar mühüm məsələlər müzakirə edilir, məqsədyönlü, müvafiq qərarlar qəbul olunur və onların icrasına nəzarət həyata keçirilir. Elmi Şurada həmçinin elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi, nəşr məsələləri, təşkilati məsələlər də müzakirə edilir və müvafiq qərarlar qəbul olunur.